EMERGE - Environnement, épi-génomes, déterminismes et ontogenèses
L’équipe réunit les collègues de l’unité spécialisés dans les processus d’ontogenèses, c’est-à-dire dans tous les processus qui conduisent à la mise en place de cellules différenciées, de tissus, d’organes ou de structures fonctionnels. Ces processus peuvent aussi bien se dérouler pendant les phases de développement (embryon, larve) que pendant les phases juvéniles ou adultes : embryogenèse, morphogenèse, gamétogenèse, gonadogenèse, neurogenèse et genèse de la coquille (biominéralisation). Tous ces processus conditionnent étroitement l’adaptation des organismes à leur environnement, et si leurs déterminismes sont avant tout génétiques, ils sont aussi susceptibles d’être influencés par l’environnement.
Les membres de l’équipe développent leur expertise sur des espèces marines d'intérêt économique, présentant des caractéristiques pertinentes pour les questions abordées : les niches germinales différemment structurées entre l’huître (Mollusque, bivalve) et la petite roussette (Vertébré, chondrichtyen), les blocages de gamétogenèse observés chez les huîtres triploïdes présentant des stérilités partielles, le système nerveux particulièrement structuré et développé de la seiche (Mollusque, Céphalopode) ou bien encore la biominéralisation nacrière chez l’ormeau (Mollusque, Gastéropode). Ces différentes espèces sont situées à des positions clé de la phylogénie permettant d’aborder l’histoire évolutive des processus d’ontogenèse étudiés.
Les questions abordées sont les suivantes :
> Quels sont les mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans les différents processus d’ontogenèse étudiés?
> L’environnement impacte-t-il ces mécanismes et comment?
Les chercheurs et ingénieurs de l’équipe ont une expertise dans des approches complémentaires pour aborder ces différentes questions : études chromosomiques, génétiques et épigénétiques (qPCR, séquençages NGS et bioinformatique, immunoprécipitations, caryotypes), études cellulaires et histologiques (cultures et tris cellulaires, microscopies qualitative et quantitative), caractérisations moléculaires (immunomarquages, hybridations), tests fonctionnels in vivo et in vitro (expositions, injections, transplantations, édition génique), expérimentations en milieu contrôlé, études de terrain...
Axe 1 : Déterminismes moléculaire et cellulaire des processus d’ontogenèse étudiés
Cet axe décrypte les voies cellulaires et moléculaires impliquées dans la destinée des cellules engagées dans les processus d’ontogenèse. Les facteurs d’identité des cellules souches (germinales, neurales, somatiques), les facteurs impliqués dans les différentes voies possibles de différenciation (en gamètes, neurones, cellules accompagnatrices) ou bien dans leur maintien, voire dans leur blocage à l’état de pluripotence, les facteurs impliqués dans la mise en place et le fonctionnement des structures (histogenèse et organogenèse, hormones, enzymes, neurotransmetteurs,…) seront plus particulièrement étudiés.
Axe 2: Influence des conditions environnementales sur les processus d’ontogenèse
L’impact de l’environnement peut être particulièrement déterminant pour le déterminisme sexuel, dans l’initiation de la gamétogenèse, l’effort de reproduction ou le développement embryonnaire et larvaire. De même, la maturation des structures nerveuses est influencée par les stimuli extérieurs et
un processus comme la minéralisation de la coquille est nécessairement dépendante de la disponibilité en minéraux dans l’environnement. Dans le contexte des changements globaux, l’environnement peut-être également source de perturbations des ontogenèses : quel est l’impact de l’acidification des océans ou de la hausse des températures sur le développement et la morphogenèse coquillière ? En quoi les modifications des paramètres abiotiques et biotiques peuvent interférer sur la maturation sexuelle, les sex-ratios, les destinées cellulaires ? Quelles sont les capacités d’adaptation ou de résilience des processus d’ontogenèse ?
Axe 3 : Epigénétique et ontogenèse
Des interactions indirectes existent entre l’environnement et les processus de l’ontogenèse: via des mécanismes épigénétiques, l’environnement peut modifier et réguler génomes et transcriptomes, et également imprimer des marques potentiellement transmises de génération en génération. L’huître, en particulier, par le contrôle de son développement précoce et de sa reproduction, sa vulnérabilité aux paramètres biotiques et abiotiques, émerge comme un modèle lophotrochozoaire dans ce domaine.
Articles scientifiques (post-2013)
2019
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« Data For Evolutive Analysis Of Insulin Related Peptides In Bilaterian Species. ». Journal Of Comparative Endocrinology 22. Journal Of Comparative Endocrinology: 546-550. doi:10.1016/j.dib.2018.12.050. https://doi.org/10.1016/j.dib.2018.12.050.. 2019.
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« Molecular Evolution And Functional Characterisation Of Insulin Related Peptides In Molluscs: Contributions Of Crassostrea Gigas Genomic And Transcriptomic-Wide Screening ». Journal Of Comparative Endocrinology 271. Journal Of Comparative Endocrinology: 15-29.. 2019.
2018
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« Morphological And Molecular Criteria Allow The Identification Of Putative Germ Stem Cells In A Lophotrochozoan, The Pacific Oyster Crassostrea Gigas ». Histochemistry And Cell Biology. Histochemistry And Cell Biology. doi:https://doi.org/10.1007/s00418-018-1740-3.. 2018.
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« Copper Induces Expression And Methylation Changes Of Early Development Genes In Crassostrea Gigas Embryos ». Aquat Toxicol 196. Aquat Toxicol: 70-78. doi:doi: 10.1016/j.aquatox.2018.01.001. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166445X18300018?via%3Dihub.. 2018.
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« Effect Of Co2–Induced Ocean Acidification On The Early Development And Shell Mineralization Of The European Abalone (Haliotis Tuberculata) ». Journal Of Experimental Marine Biology And Ecology 508. Journal Of Experimental Marine Biology And Ecology: 52 - 63. doi:https://doi.org/10.1016/j.jembe.2018.08.005. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022098117304070.. 2018.
2017
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« Dynamics Of Dna Methylomes Underlie Oyster Development ». Plos Genetics 13 (6). Plos Genetics: e1006807. https:// doi.org/10.13 71/journal.p gen.1006807.. 2017.
2016
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« Effects Of An Environmentally Relevant Concentration Of Diuron On Oyster Genitors During Gametogenesis: Responses Of Early Molecular And Cellular Markers And Physiological Impacts. ». Environ Sci Pollut Res Int 23 (8). Environ Sci Pollut Res Int: 8008-20. doi:10.1007/s11356-015-5969-2.. 2016.
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« Coleoid Cephalopod Color Patterns: Adult Skin Structures And Their Emergence During Development In Sepia Officinalis ». Vie Et Milieu 66 (1). Vie Et Milieu: 43-55.. 2016.
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« A Developmental Table Of Embryogenesis In Sepia Officinalis ». Vie Et Milieu 66 (1). Vie Et Milieu: 11-23.. 2016.
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« Differential Protein Expression During Sperm Maturation And Capacitation In An Hermaphroditic Bivalve, Pecten Maximus (Linnaeus, 1758) ». Journal Of Molluscan Studies. Journal Of Molluscan Studies: 1-10.. 2016.
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« Differential Protein Expression During Sperm Maturation And Capacitation In An Hermaphroditic Bivalve, Pecten Maximus (Linnaeus, 1758) ». J. Of Molluscan Studies 82 (4). J. Of Molluscan Studies: 575-584. doi:doi:10.1093/mollus/eyw028.. 2016.
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« Nervous System Development In Cephalopods: How Egg Yolk-Richness Modifies The Topology Of The Mediolateral Patterning System. ». Dev Biol 415 (1). Dev Biol: 143-56. doi:10.1016/j.ydbio.2016.04.027.. 2016.
2015
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« Parental Exposure To The Herbicide Diuron Results In Oxidative Dna Damage To Germinal Cells Of The Pacific Oyster Crassostrea Gigas. ». Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. doi:10.1016/j.cbpc.2015.11.002.. 2015.
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« Immune And Stress Responses In Oysters With Insights On Adaptation. ». Fish Shellfish Immunol. Fish Shellfish Immunol. doi:10.1016/j.fsi.2015.05.018.. 2015.
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« Transcriptome Analysis Reveals Strong And Complex Antiviral Response In A Mollusc. ». Fish Shellfish Immunol. Fish Shellfish Immunol. doi:10.1016/j.fsi.2015.05.023.. 2015.
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« The Endocrine-Disrupting Effect And Other Physiological Responses Of Municipal Effluent On The Clam Ruditapes Decussatus. ». Environ Sci Pollut Res Int 22 (24). Environ Sci Pollut Res Int: 19716-28. doi:10.1007/s11356-015-5199-7.. 2015.
-
« Gigaton: An Extensive Publicly Searchable Database Providing A New Reference Transcriptome In The Pacific Oyster Crassostrea Gigas. ». Bmc Bioinformatics 16. Bmc Bioinformatics: 401. doi:10.1186/s12859-015-0833-4.. 2015.
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« The Endocrine-Disrupting Effect And Other Physiological Responses Of Municipal Effluent On The Clam Ruditapes Decussatus ». Environ Sci Pollut Res Int. 22 (24). Environ Sci Pollut Res Int. : 19716-28.. 2015.
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« Regulation Of Hox Orthologues In The Oyster Crassostrea Gigas Evidences A Functional Role For Promoter Dna Methylation In An Invertebrate. ». Febs Lett 589 (13). Febs Lett: 1459-66. doi:10.1016/j.febslet.2015.04.043.. 2015.
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« Additive Transcriptomic Variation Associated With Reproductive Traits Suggest Local Adaptation In A Recently Settled Population Of The Pacific Oyster, Crassostrea Gigas. ». Bmc Genomics 16 (1). Bmc Genomics: 808. doi:10.1186/s12864-015-1972-8.. 2015.
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